User:Jts1882/clade/Newick
Tests and examples of using Newick format data directly or indirectly with {{clade}}.
Using Newick data for cladograms
editSimple case
edit{{clade
|newick1=((lion,jaguar,leopard),((siberian,javan,bengal)tiger,snow leopard))panthera
}}
| panthera |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
CladeN version for testing.
{{cladeN
|newick1=((lion,jaguar,leopard),((siberian,javan,bengal)tiger,snow leopard))panthera
}}
| panthera |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
Open Tree of Life Test
editOpen Tree of Life: Felidae (directly)
editCladogram using newick data from Open Tree of Life Felidae ("ott_id":563159)
https://tree.opentreeoflife.org/opentree/opentree9.1@ott563159/Felidae
Note: the use of Lua patterns to reformat the text (remove the _ott suffix and italicising taxa)
{{clade |style=font-size:100%;line-height:100%;
|newick1-pattern=([%a_]*)_([s?p?%.?_%u%d]*)_?(ott[%d]*)
|newick1-replace=''%1'' %2
|newick1=((((Catopuma_badia_ott763032, ... Panthera_tigris_ott42314))Panthera_ott563154))Felidae_ott563159;
| Felidae ; |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
{{#subst:clade |style=font-size:100%;line-height:100%; |newick1-pattern=([%a_]*)_([s?p?%.?_%u%d]*)_?(ott[%d]*) |newick1-replace=%1 %2 |newick1=((((Catopuma_badia_ott763032,Catopuma_temminckii_ott763025)Catopuma_ott763015,(Pardofelis_marmorata_ott660452)Pardofelis_ott86186),((((Caracal_caracal_ott1033549)Caracal_ott1033548,(Profelis_aurata_ott660447)Profelis_ott660451),(Leptailurus_serval_ott86170)Leptailurus_ott86169),((Leopardus_guttulus_ott5839530,Leopardus_braccatus_ott3613208,Leopardus_pajeros_ott3613206,((Leopardus_pardalis_albescens_ott743811)Leopardus_pardalis_ott752746,Leopardus_wiedii_ott507553),((Leopardus_tigrinus_ott774309,(Leopardus_geoffroyi_ott774303,Leopardus_guigna_ott507542)),(Leopardus_jacobita_ott904397,Leopardus_colocolo_ott86175)))Leopardus_ott774314,((Lynx_vulgaris_ott6145642,Lynx_environmental_sample_ott4941869,Lynx_rufus_ott507545,(Lynx_canadensis_ott507549,(Lynx_lynx_ott886829,Lynx_pardinus_ott442049)))Lynx_ott886828,((((Acinonyx_jubatus_ott752759)Acinonyx_ott752758)Acinonychinae_ott626920,((Puma_concolor_couguar_ott736439,Puma_concolor_coryi_ott532124)Puma_concolor_ott42307,Puma_yagouaroundi_ott86162)Puma_ott86161),(((Otocolobus_manul_ott86183)Otocolobus_ott86182,(Prionailurus_rubiginosus_ott507541,Prionailurus_iriomotensis_ott418475,(Prionailurus_viverrinus_ott862641,(Prionailurus_bengalensis_bengalensis_ott5557509,Prionailurus_bengalensis_euptilurus_ott547362,Prionailurus_bengalensis_chinensis_ott198595)Prionailurus_bengalensis_ott280108),Prionailurus_planiceps_ott86166)Prionailurus_ott570215),(Felis_venatica_ott6145636,Felis_chaus_ott983181,Felis_sp._NG192_ott340411,(Felis_nigripes_ott983179,(Felis_margarita_ott983177,(Felis_catus_ott563166,(Felis_silvestris_lybica_ott983183,Felis_silvestris_silvestris_ott754039,Felis_silvestris_bieti_ott54743,Felis_silvestris_ornata_ott54741,Felis_silvestris_cafra_ott54737)Felis_silvestris_ott563163))))Felis_ott563165)))))),((Neofelis_diardi_ott882766,(Neofelis_nebulosa_nebulosa_ott882765)Neofelis_nebulosa_ott763016)Neofelis_ott763018,((((Panthera_onca_mesembrina_ott735488)Panthera_onca_ott42322,(Panthera_leo_leo_ott5557508,Panthera_leo_atrox_ott927561,Panthera_leo_bleyenberghi_ott825431,Panthera_leo_spelaea_ott798329,Panthera_leo_persica_ott547996,Panthera_leo_krugeri_ott371429)Panthera_leo_ott563151),(Panthera_pardus_fusca_ott600110,Panthera_pardus_japonensis_ott182670,Panthera_pardus_saxicolor_ott42320,Panthera_pardus_orientalis_ott42318)Panthera_pardus_ott42324),(Panthera_uncia_ott532117,(Panthera_tigris_jacksoni_ott575331,Panthera_tigris_amoyensis_ott449298,Panthera_tigris_sondaica_ott445492,Panthera_tigris_sumatrae_ott42316,Panthera_tigris_altaica_ott19403,Panthera_tigris_tigris_ott19399,Panthera_tigris_corbetti_ott19397)Panthera_tigris_ott42314))Panthera_ott563154))Felidae_ott563159; }}
Open Tree of Life: Felidae (indirectly)
editTaxon: Felidae ("ott_id":563159)
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Amphibiaweb newick test
edit- cladogram using Newick string from https://github.com/AmphibiaWeb/aw-assets/commit/781e484c88dd85650b0b6e52c4ebf63757560dd3
Fish Tree of Life test
editNote use of two replacements, the first to italicise terminals, the second to clear internal node info.
{{clade |style=line-height:75%;font-size:75%;
|1={{clade
|newick1-pattern1=([%w_]+)(:%d%.%d*e?-?%d*)
|newick1-replace1=''%1''
|newick1-pattern2=:%d%.%d*e?-?%d*
|newick1-replace2=
|newick1=((((((((((((((((((((((((Myrichthys_breviceps:0.04081586313, ... Megalops_cyprinoides:0.1343743457):0.1985870933):0.1160002706);
| ; |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deepfin full tree
editFamily level phylogeny based on Deepfin 4 Phylogeny of All Fishes
Cladogram constructed using downloaded newick file 12862_2017_958_MOESM2_ESM.tre
{{clade |style=line-height:75%;font-size:75%;
|newick1-pattern1=[GNAUEMR]*%d*:%d+%.*%d*
|newick1-replace1=
|newick1-pattern2=I%d+-%u*
|newick1-replace2=
|newick1-pattern3=%u%d+[%u%d ]*
|newick1-replace3=
|newick1=DOWNLOADED_STRING
}}
| ; |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Newick Converter
editExample 1
editCode:
{{User:Jts1882/sandbox/templates/NewickConverter
|newickstring=((lion,jaguar,leopard),((siberian,javan,bengal)tiger,snow leopard))panthera
|indent=10
}}Output:
((lion,jaguar,leopard),((siberian,javan,bengal)tiger,snow leopard))panthera
{{clade
|label1=panthera
|1={{clade
|label1=
|1={{clade
|1=lion
|2=jaguar
|3=leopard
}}
|label2=
|2={{clade
|label1=tiger
|1={{clade
|1=siberian
|2=javan
|3=bengal
}}
|2=snow leopard
}}
}}
}}
Example 2
editCode:
{{#invoke:Sandbox/Jts1882/CladeN|newickConverter|newickstring=(lion,tiger)panthera }}Output:
(lion,tiger)panthera
{{clade
|label1=panthera
|1={{clade
|1=lion
|2=tiger
}}
}}